Оно имеет в своем составе, по сообщениям зарубежной печати, восемь командований, 25 дивизионов береговой охраны и две группы патрульных катеров. Первая - северная группа (штаб в ПБ Тамшуи) включает четыре эскадры катеров, вторая - южная (ВМБ Каошиунг) - пять. Всего в корабельном составе этих групп насчитывается до 100 ПКА, в том числе несколько патрульных кораблей водоизмещением от 900 до 1 800 т. Большинство катеров переданы БОХР командованием ВМС (в 1992 году) или таможенной службой (в 2000-м).

К основным задачам NCGA относятся: охрана территориальных вод, защита рыболовства, борьба с контрабандой и нелегальной иммиграцией, оказание помощи судам, терпящим бедствие. С наиболее серьезными проблемами она сталкивается в связи с участившимися случаями нарушения границы территориальных вод со стороны КНР. По сообщениям местных средств массовой информации, в мае 2000 года БОХР задержала китайское рыболовное судно в 15 км от устья р. Ценгуен (провинция Тай-нань). Пять рыбаков были арестованы и обвинены (на основании найденных у них средств наблюдения и карт прибрежных вод Тайваня) в шпионаже. В качестве вещественных доказательств фигурировали также фотографии (более 100) военных объектов, участков береговой линии, гаваней, аэропортов и других сооружений на контролируемых Тайванем о-вах Пэнху и Уучиу.

Действия патрульных катеров береговой охраны поддерживает специальная эскадрилья вертолетов, сформированная в 1995 году. Планами предусматривалось усиление воздушного компонента БОХР самолетами (с фиксированным крылом) и вертолетами, однако финансовые трудности и противоречия с ВВС страны, претендующими на воздушное патрулирование побережья, вынуждают командование NCGA ограничиться закупкой беспилотных летательных аппаратов, способных выполнять разведывательные задачи.